大多数人可能认为益生菌只有一种。其实，菌种还可以往下细分为“菌株”，一个菌种内可能有数十个菌株，甚至数百个菌株，菌株名称通常由数字和字母组成，以干酪乳杆菌为例，养乐多中所使用的是干酪乳杆菌shirota株，而我国内蒙古农业大学的张和平教授也发现了一株功能强大的干酪乳杆菌称之为干酪乳杆菌zhang株。只有细分到菌株，益生菌才能真正被判定其价值。

益生菌的作用是具有菌种特异性和菌株特异性的，并不是所有的益生菌菌种和菌株都具有同样的作用，不同的益生菌菌株往往具有不同的用途。比如，干酪乳杆菌、瑞士乳杆菌、发酵乳杆菌、嗜酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌等是不同的益生菌菌种，它们就具有不同的特性和功能；而虽然都是干酪乳杆菌，但不同的菌株在功能上也可能存在很大的差异，比如干酪乳杆菌shirota株和zhang株，在其功能作用方面也是存在差异的。

也正因为如此，我们不能因为某一种益生菌有用而理所当然的认为所有益生菌都有用，也不能因为某一种益生菌无用而一股脑地对所有益生菌全盘否定。

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